Jennifer MacIntyre est titulaire d’un baccalauréat en journalisme de l’Université Carleton (1997) et d’une maîtrise en administration publique de l’Université Queen’s (2008).
Mme MacIntyre a été adjointe spéciale du premier ministre en matière de visites et de sommets internationaux avant de se joindre à l’ancien ministère des Affaires étrangères et du Commerce international, en 2003.
Jusqu’en 2006, elle a agi comme sous-directrice du Programme de partenariat mondial chargée du programme canadien de sécurité nucléaire dans la Fédération de Russie. Elle a ensuite été affectée à Washington D.C., à titre de conseillère (Affaires intergouvernementales) et d’adjointe exécutive auprès de l’ambassadeur du Canada aux États‑Unis.
En 2011, Mme MacIntyre est rentrée à Ottawa pour occuper le poste de directrice des relations bilatérales et des opérations au sein de la Direction générale de l’Europe et l’Eurasie. En 2013, elle a été nommée ambassadrice auprès du Conseil fédéral suisse, avec accréditation simultanée auprès de la Principauté du Liechtenstein.
En 2017, à son retour au Canada, elle est devenue directrice générale par intérim de la Division des affaires multilatérales et bilatérales d’Environnement et Changement climatique Canada.